西历2071年，邪恶机械细胞群突如其来，瞬间将全世界陷入了绝望之中。2074年，唯一的希望就是使用最终破坏武器，即使这也需要付出代价。人类为了摆脱敌人的统治，不惜牺牲了整个国家的领土，大陆被分裂成了无数个残片，南极大陆也消失了。50%以上的陆地被海水淹没，地球上的景象简直像是一个末日世界。但即使这样，人类也没有放弃……在历经十年的战争后，冬后大佐奇迹般地重回战场。然而，他却面对三位年纪尚小的女孩子——一条瑛花，一个IQ高达200的天才园宫可怜以及一个唯一的优点就是精神独特的樱野音羽。这三位女孩子成为了SKYGIRLS——人类最后的希望！！在训练中，三人之间的羁绊不断加深，她们背负着整个人类的未来和希望，成为了广阔天空中最亮眼的存在。她们的名字将载入史册，成为人类战争的传奇。g